Kimimaro após sobreviver, aliou-se a Orochimaru, que tinha interesse em sua Kekkei Genkai. Percebendo que Orochimaru era a única pessoa que havia se importado com ele, não teve dúvidas de que seria fiel, já que este era o único que merecia seu poder. Ganhou o Selo Amaldiçoado da Terra. Tornou-se o quinto membro e líder do Quarteto do Som, devido à sua força. Ajudou Orochimaru no assassinato ao Kazekage e em outros planos, mas durante o ataque à Vila Oculta da Folha desenvolveu uma doença misteriosa e voltou para o esconderijo de Orochimaru, para estudos.Yakushi Kabuto tentou de tudo, mas sem os arquivos médicos do Clã, nada adiantava. Orochimaru se viu obrigado então a abandoná-lo como sucessor de corpo, substituindo-o por Sasuke Uchiha. Estava no esconderijo, esperando a morte, quando decidiu ajudar a trazer o novo corpo de Orochimaru. Assim, atrasou Naruto Uzumaki, que estava perseguindo Sasuke em seu caminho até o esconderijo. Rock Leesubstitui Naruto na luta, e luta contra Kimimaro, mas quase morre. Gaara vem em auxílio, quase o mata, mas Kimimaro usa o Sawarabi no Mai e aparece dentro de um osso para matá-lo. Quando Kimimaro estava prestes a matá-los, morre por causa de sua doença.E no naruto shippuden ele é revivido pelo jutsu de tensei de Kabuto .
